Das Progressive Zentrum wird von einem hauptamtlichen Geschäftsführer und einem erweiterten operativen Leitungskreis geführt, dem die LeiterInnen der Programmbereiche, des Büros und der Kommunikation angehören. Das operative Team besteht aus (Senior) ProjektmanagerInnen, Trainees, ProjektassistentInnen sowie PraktikantInnen.