Das Progressive Zentrum wird von einem hauptamtlichen Geschäftsführer und einem erweiterten operativen Leitungskreis geführt, dem die Leiter:Innen der Programmbereiche, des Büros und der Kommunikation angehören. Das operative Team besteht aus Projektmanager:Innen, Projektassistent:Innen sowie Praktikant:Innen.